1、注意通风。水果店内的水果很多，室内都是果香，会更容易找来小飞虫。所以一定要注意随时通风，保持室内空气通畅。
2、及时清理腐烂水果。腐烂的水果特别容易找来小飞虫，特别是水果店内的水果量大，一旦水果腐烂会影响周围的水果，从而滋生更多小飞虫，所以一旦发现坏果，要及时清理，并定期检查。
3、及时清理室内的果汁。水果店内的水果搬运或者挑选、切分的时候，难免还有有一些水果的果汁流出来掉在地上后者是桌子上，如果不及时清理也会引来小飞虫。所以，要将店内地上、桌子上的果汁渍及时清理掉。
4、可以在水果店内点一些味道较淡的香，香的味道可以将小飞虫驱除。
5、可以在水果店内几个位置处放置一些风扇，夏天的时候不仅可以让人感觉很凉快，风扇吹出来的风还可以将小飞虫吹走。
6、使用无毒杀虫剂喷洒。水果店一旦有小飞虫，就可以使用对身体无害的杀虫剂喷洒，但是最好提醒客户，让大家买水果回家之后药清洗干净之后在食用。
